אזור הרי יהודה שופע במעיינות וזה בא לביטויי ברצף ההתיישבותי עבר ההיסטוריה , עין כרם -עין הסטאף - ועין סובא "צובא " .
בכפר ובסביבתו יש עידות להתיישבות מהבית הראשון , ומקבלת תאוצה מהתקופה הצלבנית .
המעיין הראשון של הכפר שנמצא בסמוך למסגד הוא " עין אלבלד " מעיין הכפר , בעבר היה הכיכר המרכזי לישוב , אליו הגיעו תושבי הכפר החקלאים לשטוף את תצורתם החקלאית , הנשים ירדו אליו למלא את כדיהם במים , ולכבס את הבגדים , וממנו יצאה תהלוכת החתן אל בית הכלה מלווה בשירה וברקודים .
מעיין זה השקה את השדות הקרובות אליו , בשיטת ההצפה שנהוגה בכפר עד ימינו.
המעיין האמצעי " מעיין ראפה " שממנו נגזר שם הכפר , מעיין שנתגלה מאוחר יותר , בעזרת כומר שהגיע לכפר בשנות השלושים מכנסיית סנט אנה מצוייד במפה צלבנית שהורה על מקום המעיין , הכפריים שגילו את הנביעה בסמוך לנקבת המעיין נתגלתה אבן חצוייה עם כיתוב בלטינית rafa , שסבורים שהוא חצי שם המלאך Rafa-hel את האבן כנראה הציבו הצלבנים שהתייבשו בעבר בין הייתר על אדמת הכפר וייחסו תכונות מרפא למי המעיין .
המעיין השלישי שנמצא בקצה המערבי של הכפר מעיין לע'מור ( במפות ישנות מכונה מעיין לימון ) על שם הכפר הסמוך שהתקיים בסמוך לעין ראפה עד קום המדינה.
חלק מהארכיאולוגים טוענים ששם המעיין הוא למור ( La'mour ) אהבה בצרפתית - מעיין האהבה - הרי בצובא הקימו הצלבנים מצודת בלמונט (Belmont ) ההר הגבוהה בלטינית לחיל הפרשים שפקחה על הדרך מיפו לירושלים , ומתחתיו בסמוך לכביש מספר 1 איפה פארק עין חמד כיום ( Aqua-bella ) המים המתוקים בלטינית , הוקמה המצודה של ההוספטלרים של נזירות מחיל הרפואה , ואיפה הגברים והנשים משני המבצרים מעבר לכביש נפגשו ?! במעיין למור , מעיין האהבה .